Sau khi luật ân xá được thông qua ở Uruquay, Mujica và các tù nhân chính trị khác được trả tự do vào tháng 3/1985. Ông và vợ tương lai Lucia Topolansky, người bạn đồng hành ở Tupamaros được thả cùng đợt, chuyển đến một trang trại nhỏ, nơi họ trồng cà chua, hoa cúc và tham gia các hoạt động chính trị.
Tupamaros về sau phát triển thành đảng chính trị cánh tả Phong trào Quần chúng Tham dự (MPP). 10 năm sau khi ra tù, ông Mujica được bầu làm nghị sĩ quốc hội.
Ngày đầu tiên làm nghị sĩ, ông đến quốc hội bằng xe máy và bị nhận nhầm là người đưa thư. Một nhân viên ở đó hỏi rằng "ông có ở lại lâu không?" và Mujica trả lời "tôi hy vọng là thế".
Trong cuộc bầu cử năm 2005, Tabare Vazquez trở thành lãnh đạo đảng cánh tả đầu tiên trong lịch sử Uruguay được bầu làm tổng thống và ông Mujica được bổ nhiệm làm bộ trưởng nông nghiệp.
Trong ảnh, ông Mujica vận động tranh cử với tư cách ứng viên tổng thống hồi tháng 10/2009.
